De Kerk is een grote voorstander van interkerkelijke samenwerking in kwesties die belangrijk zijn voor alle religies. Scientologen werken samen met vertegenwoordigers van vele religies om de interkerkelijke dialoog, de religieuze vrijheid, de grondwet en het respect voor religie in de samenleving te steunen en aan te moedigen.
Scientologen hebben actief gevochten voor de religieuze vrijheid in Europa. In het Frankrijk kwamen duizenden scientologen samen om de "Verklaring van de vrijheid van religie" uit te brengen, die vervolgens werd aanvaard door de Raad van Europa. In Denemarken zijn scientologen actieve leden van het Deense Interfaith Forum een uitgesproken stem voor vrijheid van godsdienst in heel Scandinavië. In België heeft de Scientology Kerk een belangrijke rol gespeeld bij de oprichting van de oecumenische Europese Raad van Religieuze Bewegingen, waarvan de leden hun respectievelijke kerken vertegenwoordigen in het omgaan met kwesties van religieuze vrijheid.
Scientology Kerken organiseerden ook vele multireligieuze conferenties in Europa en de Verenigde Staten om de religies aan te moedigen om samen te werken in de zaak van religieuze vrijheid en tolerantie. In Rusland hebben scientologen geholpen bij het organiseren van een reeks van hoog niveau rondetafelgesprekken over het onderwerp, waarvan sommige in samenwerking met de Federale ombudsman en de Russische Academie van Staats Wetenschappen.
In de nasleep van de 11 september 2001, World Trade Center ramp, heeft de Scientology Kerk in Engeland een internationale conferentie getiteld "Het vullen van het moreel vacuüm" gehuistvest. Onder de vijfenzeventig deelnemers waren religieuze leiders, mensenrechten activisten en academici uit Europa, Azië, Afrika, de Verenigde Staten en Canada.
In Los Angeles en elders zitten Scientology ministers in geestelijke raden, gesponsord door de rechtshandhavingsinstanties, met inbegrip van het Los Angeles County Sheriff's Department en het Los Angeles Police Department. Deze raden organiseren gemeenschaps evenementen om in de binnensteden jongeren te helpen een doel voor en richting aan hun leven te vinden.
